Эпизод I
Действие игры начинается в 2499 году, когда в ходе активной колонизации космоса терраны сталкиваются с неизвестными доселе враждебными существами — зергами. При этом Конфедерация, доминирующая в этом секторе политическая группировка терран, отказывает в помощи атакованным колониям. Тогда инициативу по защите одной из них, Мар Сары, берет в свои руки местный шериф Джим Рейнор. После того, как люди Рейнора уничтожают заражённый зергами терранский командный центр, представители Конфедерации объявляют Рейнора изменником и арестовывают. На свободу Джима выпускает повстанческая организация «Сыны Корхала», целью которой является свержение тирании Конфедерации.
В ходе последовавших вооружённых столкновений обнаруживается, что зергов на терранские колонии привлёк пси-излучатель — устройство, которое агенты Конфедерации использовали, чтобы заманить зергов на неугодные режиму колонии. Затем, основные силы Конфедерации должны были вступить в бой с «неизвестным врагом» и «освободить» поражённые миры. Однако, дело приняло неожиданный оборот, когда в бой вступила третья сторона — протоссы. Их флот, оснащённый технологиями, далеко превосходящими терранские, следовал к заражённым зергами колониям терран и подвергал их массированной орбитальной бомбардировке, уничтожая там всё живое.
«Сыны Корхала» находят чертежи для производства пси-излучателей, и устанавливают несколько экземпляров на густонаселённых планетах Конфедерации, включая её столицу, Тарсонис. В результате, основные силы и миры Конфедерации были сокрушены нескончаемыми атаками привлечённых пси-излучателями зергов, а оставшиеся терранские поселения перешли под контроль «Сыновей Корхала», выступивших в роли защитников человечества от инопланетной угрозы, и основавших на обломках Конфедерации новый государственный строй — Доминион.
Все это время, командующий флотом протоссов, верховный тамплиер Исполнитель («экзекутор») Тассадар, следуя приказу Конклава, выжигал зараженные зергами планеты одну за другой. Однако, во время битвы за Тарсонис, он решил вмешаться и попытался спасти людей, высадив десант на космическую платформу «Новый Геттисберг», на которой располагался главный Улей зергов, с целью уничтожить его и не дать зергам полностью разрушить Тарсонис.
Это шло вразрез с планами лидера «Сыновей Корхала» Арктура Менгска, который желал полного уничтожения всего, что стояло на его пути к власти(«Не стоит меня останавливать, Джим. Меня никто не остановит: ни вы, ни Конфедерация, ни Протоссы — никто! Я буду управлять этим сектором или сожгу его дотла»). Он послал на ту же платформу Сару Керриган — свою ближайшую помощницу, с приказом помешать силам протоссов уничтожить зергов.
Посланный Тассадаром десант оказался тактически слабее и отступил, чем воспользовались зерги, атаковавшие позиции терран с тыла. Отряд Керриган был уничтожен после того, как Менгск проигнорировал её просьбу об эвакуации.
Эпизод II
Однако Керриган не погибла, а была захвачена зергами и помещена в кокон (хризалиду)для последующего превращения в агента Сверхразума зергов, которого заинтересовали её выдающиеся телепатические способности.
Джим Рейнор, бывший командир Арктура Мет Хорнер и лояльные ему повстанцы восстали против Арктура Менгска и, прорвав блокаду Доминиона, ушли с Тарсониса вслед за Роем зергов, надеясь спасти Керриган. Параллельно, вслед за ним, Арктур послал с той же целью генерала Эдмунда Дюка во главе Альфа эскадрона. Однако, прибыв на главную планету зергов, Чар, экспедиция Альфа корпуса была разбита силами зергов, защищавших хризалиду с Керриган.
Повстанцев Рейнора победила сама Керриган в своей новой ипостаси «Королевы клинков» зергов. Однако она сохранила жизнь Рейнору и его оставшимся последователям, позволив им бежать.
Тассадар обнаруживает, что изгнанные в незапамятные времена собратья протоссов Тёмные храмовники способны разорвать связь между Сверхразумом зергов и Роем, уничтожая его непосредственных слуг, неуязвимых к обычному оружию (англ. Zerg Cerebrate). Со смертью такого слуги подчинённые ему солдаты-зерги впадают в бесконтрольную ярость.
Однако, убивая слугу Сверхразума по имени Засз, тёмный храмовник Зератул вошёл в кратковременный ментальный контакт со Сверхразумом, который, благодаря этому, узнал местонахождение родной планеты протоссов, Айура и направил туда Рой. В последовавшем эпическом сражении высшее руководство протоссов, Конклав, потерпело поражение, и большая часть протоссов была уничтожена. Сверхразум переместил себя в пространстве и внедрился в кору Аиура, готовясь сделать расу протоссов частью Роя.
Эпизод III
Новый Исполнитель протоссов (Верховный тамплиер Харас изначально отождествляется с ролью игрока, позже отождествлен с Артанисом) одержал ряд побед над зергами, что не помешало им удвоить свои завоевания. Тассадар, временно вышедший на связь с Чара предложил новую тактику — убивать непосредственно церебралы зергов.
Претор Феникс, старый друг Исполнителя сумел пробиться в тыл к одному из церебралов и уничтожить его. Сверхразум тут же восстановил своего слугу. Конклав признал тактику Тассадара ошибочной, а его самого еретиком. В последующих боях пал Феникс. Конклав приказал Исполнителю доставить с Чара Тассадара, чтобы судить его за невыполнения приказов. Когда Исполнитель пришёл на Чар, он обнаружил там ещё и Рейнора. Тассадар предложил вызволить из разрушенной лаборатории терранов Зератула, заявляя что только энергия темных храмовиков способна уничтожить Сверхразум.
Вернувшись на Айур Исполнитель и Тассадар встречают Феникса, которого возвратили к жизни в качестве киборга-драгуна. Судья Алдарис готовит войска, чтобы казнить Тассадара и всех тёмных тамплиеров. Зератул и Исполнитель решают уничтожить Конклав.
Тассадар заявляет, что не может смотреть как протоссы истребляют друг друга, и отдает себя на суд Алдарису. Тёмный храмовник исчезает, Феникс, Рейнор (починивший свой флагман «Гиперион» и подбодривший своих людей и назвал свою повстанческую группировку — « Рейдеры Рейнора») и Исполнитель решают вызволить своего друга из силовой камеры.
Освобожденный Тассадар решает продолжать борьбу против зергов.
Все вместе они уничтожают несколько церебралов Сверхразума. Увидев что Тассадар был прав, судья Алдарис решает объединится с ними. Затем и сам Сверхразум был атакован. Получивший солидные повреждения в ходе боя флагман «Гантритор» Тассадар направляет на Сверхразум и пропускает сквозь себя всю мощь светлой и темной псионной энергии тамплиера. Погибнув сам, он уничтожает Сверхразум.
