К началу второй мировой войны относительно неопытный в строевой службе Эйзенхауэр стал офицером штаба генерала Джорджа Маршалла, начальника Генерального штаба. Он разрабатывал планы для защиты Южной Азии и Филиппин против продвигающихся японцев и участвовал под командованием генерала Дугласа Мак-Артура в организации последней безуспешной защиты Филиппин. После временного отступления из Южной Азии главный интерес американцев обернулся сначала к Европе. Как начальник оперативного отдела Генерального штаба Эйзенхауэр был ответствен за стратегическое планирование, психологическое и экономическое ведение войны, предоставление техники, а также за дипломатическую координацию с государственным департаментом. Маршалл, как и Эйзенхауэр, выступал за скорейшее открытие "второго фронта" против гитлеровской Германии, чтобы освободить Советский Союз от тяжелого немецкого давления. Они считали британскую стратегию высадки десанта в Северной Африке бесполезной и расточительством ресурсов. Эйзенхауэр разработал в это время все американские планы действий и был назначен генералом Маршаллом главнокомандующим европейского фронта. Британские военные приняли его назначение еще и потому, что полагали возможным относительно легко воздействовать на него.
После прибытия в Англию 24 июня 1942 года перед Эйзенхауэром встала первая задача, состоявшая в улучшении кооперации между британскими и американскими военными и подготовке высадки во Франции. Он выступал за фронтальное наступление через канал, но между тем Уинстон Черчилль уговорил президента Рузвельта на поход в Северную Африку и высадку в Сицилии. Только 6 июня 1944 года началась операция "Оверлорд", высадка союзников в Нормандии. Неделю спустя Эйзенхауэр вступил на французскую землю, а в конце войны Айк, который как неизвестное лицо взял на себя командование, был одним из самых популярнейших американцев. Рузвельта уже не было. Черчилля вскоре должен был сменить Клемент Эттли, а Гарри С. Трумэн как президент еще никак не проявил себя. Эйзенхауэр же воплощал в себе как народный герой политическое и военное превосходство западной демократии.
С конца войны до ноября 1945 года Эйзенхауэр был военным губернатором американской зоны в Германии. Несмотря на растущее недоверие к Советскому Союзу, он надеялся продолжить советско-американскую кооперацию, которую начал в Берлине с маршалом Жуковым. Летом 1945 года Эйзенхауэр высказывался против применения атомного оружия в Японии, так как опасался, что такая демонстрация силы может повредить отношениям с Советским Союзом. Одновременно был против разработанного в 1944 году плана Моргентау, который предусматривал деиндустриализацию Германии. Он рассматривал восстановление Рурской области как важнейшую предпосылку экономического выздоровления Европы.http://www.presidents.h1.ru/site/presidents/usa/eisen.html