В 522 г. до н. э. Камбиз II получил известие, что его брат Бардия поднял восстание, но возвращаясь из Египта Камбиз II таинственно погиб. В Бехистунской надписи указывалось, что Камбиз убил Бардию еще до похода в Египет, греческие источники говорят о другом. К моменту захвата Дарием царской власти наместником Бактрии был Дадаршиш, а наместником Парфии и Гиркании отец Дария I Виштаспа. Маг Гаумата выдавал себя за Бардию и правил недолго. Его сверг Дарий и тогда восстали покореные провинции. Восстание в Эламе было легко подавлено, а в Вавилонии восстал Нидинту-Бел, которого Дарий разбил и взял Вавилон. Вспыхнуло восстание в Маргиане, но Дарий I направил на его подавление перса Дадаршиша и мятежники были разбиты. В Персии против Дария I восстал Вахьяздата и его власть распространилась до Арахосии. Царь выступил против него и в битвах при Капишканише в Арахосии и у Раха в Персии разбил мятежника. В Мидии против царя восстал Фравартиш и в мае 521 г. до н. э. в местности Кундуруш он был разбит царским войском. Его казнили посадив на кол, а перед этим покалечили выколов глаз и отрезав нос. Виштаспа же боролся с повстанцами в Парфии и Гиркании. Восстание в Армении подавили армянин Дадаршиш и перс Ваумиса. Когда восстание в Армении еще продолжалось, то вавилоняне снова восстали. Араха сын Халдиты провозгласил себя царем Навуходоносором IV. Сам он был по происхождению армянином. Вавилоняне 20 месяцев сопротивлялись Дарию I, пока в 519 г. до н. э. их восстание не было окончательно подавлено. В Анатолии против власти Дария восстал наместник Лидии, Фригии и Ионии Оройт. Дарию I удалось его устранить без посылки войск. Арабы сохранили верность персам как союзники, а Бактрия, Арейя, Дранигана и Согдиана были лояльны трону. В 520 г. до н. э. пророки Аггей и Захария проповедовали среди евреев необходимость восстания и восстановления самостоятельного царства. Также мятежным был начальник Иудеи Зеровавель, но его персы нашли способ устранить. Среди евреев не была популярна идея войны с персами. Подавив основные очаги восстания Дарий I приказал выбить победную Бехистунскую надпись, один из ключевых источников по истории Персидской империи, которая была закончена к 518 г. до н. э. В 520 г. до н. э. Дарий I подавлял восстание эламитов, а в 519 г. совершил поход против саков-тиграхауда. Эти саки не были поддаными империи и в отличии от восставших в провинциях пленных Скунха не был казнен. Египет был возвращен в состав империи в 519 г. до н. э. В период 522-519 гг. до н. э. ним правил наместник перс Арианд, который чеканил свою монету и не признавал власти Дария I. Он воевал с Баркой. В 519 г. до н. э. Дарий I сверг Арианда, а в 518 г. уже покорил северо-западные регионы Индии. Была образована новая ссатрапия – Хинду. В 517 г. до н. э. персы заняли греческий остров Самос. В 516 г. были подчинены причерноморские племена. Поход против причерноморских скифов произошел между 516 и 512 гг. до н. э. и закончился большой неудачей персов. Скифы не давали битвы персам и вымотали их нападением на их коммуникации. Вернувшись из скифского похода Дарий оставил в Фракии и Гелеспонте своего полководца Мегабиза для покорения этих регионов. Фракия была легко покорена, а когда персы подошли к границам Македонии, то ее правитель Александр поспешил признать себя вассалом царя. Из Фракии и Македонии было создано сатрапию Скудра и в ней были остановлены персидские гарнизоны. В 499 г. до н. э. сатрап Лидии Артаферн отправил эскадру Мегабата, который вторгся на Наксос и планировал покорить все Киклады. Поражение персов на Кикладах привела к тому, что на ионийском побережье восстал народ и сверг проперсидских тиранов. Восстание распространилось от Гелеспонта до Карии. Вождь восставших Аристагор отправился на материковую Грецию просить помощи. Спартанский царь Клеомен отказал ему в помощи. В 507 г. до н. э. афиняне заключили мир с персами, но прибытие тирана Гиппия к сатрапу Артафрену в Сарды и планы последнего на реставрацию Гиппия вынудили афинян оказать помощь ионийцами. Прибывшие афиненяне вместе с ионийцами вторглись в Лидию и взяли Сарды за исключением акрополя, где со своими людьми оборонялся Артафрен. Это вызвало реакцию со стороны персов, которые изгнали греков из Лидии, а в 498 г. до н. э. разбили ионийцев у Эфеса. В 496 г. до н. э. в Афинах взяли власть проперсидские Алкемониды и они отозвали свои войска. В 497-496 гг. до н. э. персидский десант завладел всем Кипром. В 494 г. до н. э. персы осадили Милет. В том же году при Ладе был разбит флот ионийцев. Осенью 494 г. до н. э. пал Милет и это фактически означало конец восстания. В ионийских городах была реставрирована власть тиранов. Трагедия Милета обусловила приход в Афинах к власти Фемистокла и свержение Алкемонидов. В 492 г. до н. э. Мардоний пошел навстречу ионийцам и установил демкоратию в полисах, но в еще свободные города греков были отправлены послы с требованием покориться Персидской империи. Вторжение готовилось еще в 492 г. до н. э., но флот персов был разбит штормом у Халкидского полуострова. Мардоний был вынужден довольствоваться восстановлением персидской власти во Фракии. В 490 г. до н. э. персидский флот был сосредоточен у берегов Киликии. Персы заняли Наксос и Эретрию на Эвбее. После этого Датис задумал наказать Афины и высадился в Аттике. 12 августа 490 г. до н. э. состоялась Марафонское сражение, в котором афиняне одержали победу и персы были вынуждены эвакуироваться. Дарий I не оставлял надежды покорить Грецию, но в 486 г. до н. э. вспыхнуло восстание в Египте. В такой обстановке в ноябре 486 г. до н. э. в возрасте 64 года умер .
