На ранних этапах Великого Крестового Похода Имперская Армия использовалась почти исключительно для гарнизонной службы и гарантии порядка как на чужих мирах, так и на домашних (что случалось намного реже), однако ближе к концу ВКП Армия сражалась наравне с Астартес из-за все более быстрого расширения Империума. Имперская Армия в тот период была организована без особого стандарта и внешний вид полков разнился от варваров с примитивным холодным оружием до механизированной пехоты, вооруженной энергетическим оружием давно потерянной конструкции. В это время полки были, можно сказать, предоставлены сами себе, пока служили верно и соответствовали немногочисленным ограничениям.
Из-за огромного разнообразия миров и полков была признана необходимость Армии функционировать, как единое целое, хотя к тому моменту размеры Империума уже исключали возможность настоящей стандартизации. Для этого был издан трактат, известный как Тактика Империум, и были подготовлены политработники для обеспечения эффективного сотрудничества между полками. Эти специалисты, известные как Мастера Дисциплины, также использовались для воспитания преданности и дисциплины. Эти суровые люди в первую очередь были ответственны за поддержание порядка во вверенных полках и отслеживание предателей и дезертиров, которые нарушили клятву Императору или пренебрегли своими обязанностями. Мастера Дисциплины были известны своей привычкой использовать охотничьих орлов для выслеживания своей добычи - неверных солдат. Их фанатичная преданность Империуму и Императору затмевала любое сострадание или милосердие, когда требовалось торжественно казнить предателя специальной электро-косой.
Мастера Дисциплины были предшественниками и моделью для более позднего Комиссариата и его беспощадных сотрудников - комиссаров. В ту пору Мастера Дисциплины обычно выбирались командирами Астартес из офицеров и ветеранов Имперской Армии. Тогда вся Имперская Армия была непоколебимо предана именно повелителям Космического Десанта, что привело к катастрофе. В частях Имперской Армии, верных Легионам-предателям, первым актом неповиновения Империуму стало убийство своих Мастеров Дисциплины, а в лояльных полках Мастера были вынуждены пойти на крайние меры для поддержания порядка, чем заработали себе репутацию стойкости и рассчитанной жестокости, которую и унаследовали Комиссары.