Есть одна идея - ввести здание очистки от инфекции, как бы следующий уровень после пассивной инфекции. Строится понятное дело только живыми, строится долго и недёшево, но зато после строительства снимает эффект от пассивного заражения. (хотя можно сделать слегка по другому - после пассивной инфекции сделать два уровня зданий на очистку - карантин, который не такой дорогой, строится один ход, снижает некоторые эффекты от пассивной инфекции, но ухудшает уровень порядка в городе. И следующий уровень - как раз сама дорогостоящая очистка, длящаяся может 10 ходов и приводящая город в норму. Правда я не в курсе есть ли возможность сразу после строительства её уничтожить с помощью скрипта, что бы это могло происходить несколько раз, да и город повторно заражаться).
Ну и другая идея как для возможной дополнительной компании - после апокалипсиса, когда все регионы оказались захвачены и количество зомби поубавилось, остатки людей объединились в парочку орд и пробуют заново заселить обезлюденный мир