Также на счету Выговского развитие Генеральной канцелярии, превращение её в мощный и высокоэффективный институт Гетманщины - важную составляющую государственного аппарата. Это учреждение играло роль министерства иностранных дел и в какой-то мере министерства внутренних дел. Она стала тем генератором, который согласно воле гетмана и совета Войска Запорожского ускорял работоспособность разветвленной государственной машины. Именно сюда стекалась военно-политическая информация со всех концов Украины и зарубежья, здесь принимались и отправлялись многочисленные посольства, здесь принимались важные решения, которые наряду с военными победами определили судьбу Национально-освободительной войны украинского народа. Как отметил Иван Крипякевич, Выговский "организовал государственную канцелярию, которая приняла всё деловодство, как во внутреннем правлении, так и в заграничных делах...". Под Богданом Хмельницким сохранялся "контроль основных государственных дел, а их исполнение, в том числе корреспонденцию, он доверил Выговскому".
Чтобы создать и управлять такой мощной машиной, как Генеральная канцелярия, необходимо иметь огромный талант администратора и политика. И хотя создавали изначально канцелярию Хмельницкий и Иван Креховецкий, именно Выговский реорганизовал её и вывел на уровень европейских канцелярий.