В противостоянии узбеков и кызылбашей принимали участие хивинские ханы. В 1505 г. Хорезм был частью государства Мухаммеда Шейбани. Ильбарс-хан, сын Буреке, который правил в Хорезме, в 1510 г. заключил союз с Исмаил-шахом Катаи Сефевидом. Но кызылбаши заняли Хорезм, и Ильбарс с Билбарсом бежали в Мавераннахр. Население Хорезма было недовольно установлением власти шиитов и призвало узбеков во главе с Ильбарсом и Билбарсом. По сведениям Абу-л-Гази Ильбарс дал в честь победы над персами своим сыновьям имя Гази. Это было частью более обширного имени. Значимость победы над кызылбашами подчеркивалась тем, что узбеки были суннитами, а Сефевиды шиитами, то есть еретиками для большей части мусульманского мира. Мунис и Агехи сообщали, что в 1511 г. Ильбарс напал на Хорасан. Он совершил еще один поход на Хорасан. Он подчинил себе туркмен местностей Балкан и Мангышлак. Во времена Суфийан-хана туркмены теке, сарыки, йомуды, салоры, эрсари восстали, и их пришлось по-новому покорять. После смерти Ильбарса в 1518-1519 гг. разгорелась борьба за власть между Султан-Хаджи-ханом, Хасанкули-ханом, Суфийан-ханом. В Хиве между собой боролись потомки Буреке, Аминека (который был из потомков Йадгара), Абулека. Они сменяли на престоле друг друга, пока Суфийан не вышел из борьбы победителем. Этот потомок Йадгара смог подчинить своей власти туркмен. Против него воевали племена эрсари и салор. После Суфийана власть перешла к его брату Буджуге, который успешно воевал против кызылбашей. Тахмасп был вынужден просить мира и породниться с хивинским ханом. После смерти шаха Исмаила власть хивинцев простиралась до Чаача на юге Туркменистана. Резиденция хана находилась в городе Шахри-Вазир. Аванеш-хан вел войну с бухарским узбекским ханом Убайдаллой и в 1538 г. погиб в битве с ним. Нужно отметить, что Аванеш-хан некоторое время воевал с братьями и с туркменами. Убайдулла в 1536-1537 гг. воевал против кызылбашей в Хорасане, который до того был занят узбеками. В 1537-1538 гг. кызылбаши отняли у узбеков Хорасан. По сведениям Искандер-бека Мунши бухарский хан Убайдулла сделал наместником Хивы своего сына Абд ал-Азиза. Дост-хан искал пристанища при сефевидском дворе. Хасан-бек Румлю указывал, что Убайдалла вторгся в Хорезм, пользуясь усобицами после смерти Омар-хана (Аванеш-хана). Говорилось, что хивинец Дин-Ахмед смог нанести поражение бухарцам. По сведениям Искандер-бека Мунши Дин-Мухаммед-хан и Али-султан напали в 1544 г. на Астрабадскую провинцию Ирана. Кал-хан из хивинских Шибанидов смог восстановить власть династии Йадгара только в 1547 г. В 1548-1549 гг. Шах-Али-султан (правивший Хорезмом) напал на Астрабад. Как только бухарцы были изгнаны, в Хиве снова начались смуты и продолжались до воцарения Хаджим-хана в 1558 г. В 1557 г. хивинцы В 1561-1562 гг. в Хиву вернулся Али-султан. Сын Тахмаспа Казак напал на Абиверд и Несу. В 1564-1565 гг. кызылбаши отвоевали крепость Хамушан, которой ранее овладел Али-хан. В 1565-1566 гг., отвечая на набег узбеков в Хорасан, кызылбаши осадили Абиверд. В 1566-1567 гг. правитель Бухары Искандер отправил узбеков в набег на Хорасан. Султан Мухаммед-мирза был осажден в Турбете сыном Искандера Абдуллой. Во время правления этого хивинского хана Хорезм по крайней мере два раза был окулирован бухарцами - в 1593 и 1595 гг. После смерти Абд ал-Мумина бухарцы потеряли Ташкент и Туркестан, а также присырдарьинские города. Их заняли казахи, которые воспользовались борьбой за власть в Бухаре. Хаджим-хан же отвоевал Хиву в 1598 г. После Хаджима Хивой правили Араб-Мухаммед и Исфандийар. В конце правления Араб-хана против него выступили его сыновья Ильбарс и Хабаш, которых он ранее щедро наделял уделами. Поддержали отца Абу-л-Гази и Исфандийар. В конце-концов в ходе этой борьбы к власти пришел Исфандийар. В 1621 г. против Исфандийара выступили братья Хабаш и Ильбарс. Исфандийар бежал к кызылбашам к Астрабаду. В 1643 г. знаменитый Абу-л-Гази был провозглашен ханом в Арале, а в 1645 г. стал ханом Хивы. В борьбе за власть он не гнушался использовать помощь джунгар. Этот хан смог сплотить между собой враждующие группировки и организовал ряд походов на Бухару. Продолжатель Утемиша-хаджи знал о родословии Хаджим-хана и указывал, что некоторые Шибаниды пользуются помощью со стороны казахов. Территория Хивы включала в себя оазис Хорезм, Мангышлак, Бахланские горы, Дихистан, течение Узбоя, северная часть Хорасана к северу от Копетдага и Кюрендага. Население Хорезма состояло из чагатаев и отюреченых хорезмийцев. Туркмены проживали в степях и пустынях. Они периодически восставали против хивинских ханов. Доминирующее положение занимали узбеки из племен кыят-кунграт, уйгур-найман, канглы-кыпчак, нукус-мангыт. Ханы принадлежали к династии Шибанидов .
Хивинское ханство делилось на ряд уделов, которые выделялись огланам. Духовенству выделялись вакфы. Среди владений ханство выделялось Аральское владение. Впоследствие оно выделялось в отдельное ханство. Оно делилось на подразделения мангытское, кунгратское, кыпчакское, ходжаалийское. При преемнике Хаджи-хана Араб-Мухаммеде (1602-1623) на территорию Хивинское ханства вторгались казахи и калмыки. Казахи пытались возвести на престол своего ставленника. В самом начале его правления на ханство совершили нападение яицкие казаки Нечая, которые ворвались в Ургенч и взяли в плен 1 тыс. ясырей. Однако на обратном пути они были настигнуты и перебиты. Потом яицкие казаки совершили нападение на Хиву под началом атамана Шамая, но снова были разбиты. В конце правления Араб-Мухаммеда против отца восстали огланы Хабаш и Ильбарс. Они захватили его в плен и ослепили. Однако взошедший на престол Ильбарс, вскоре был свергнут другим своим братом Исфандийаром. В распрях между узбеками участвовали туркмены. В 1629 г. хивинский хан Исфандийар совершил набег на Хорасан. Кызылбашам пришлось сражаться с хивинцами в районе Мерва, Нисы, Дуруна, Абиверда. Его активно поддержали туркменские племена. В государство Сефевидов был отправлен с дипломатической миссией Абу-л-Гази-хан. Против Исфандийара бунтовали его братья. Так, против него восстал Абу-л-Гази, который первоначально был ханом Аральского владения. Опираясь на узбекские племена Абу-л-Гази пришел к власти. После этого он организовал походы на туркмен. Абу-л-Гази стремился поддерживать добрососедские отношения с Сефевидами. До этого он много времени пробыл у кызылбашей. Сам хан был ученым на троне и был автором трех исторических сочинений. Он отметился как полководец и совершил ряд удачных походов на бухарских Аштарханидов-Джанидов Абу-л-Гази в 50-60-х гг. XVII в. воевал против бухарских Аштарханидов. Он участвовал в бухарской усобице на стороне Субхан-кули. Последний свой набег он совершил в 1662 г. В марте 1663 г. Абу-л-Гази умер. Наследник Абу-л-Гази Ануш-хан неоднократно совершал набеги на Хорасан. Также неоднократно хивинцы вторгались в Мавераннахр. Однако в 1685 г. Ануш-хан вторгся был разбит войсками Субхан-Кули, хотя перед тем взял Самарканд. В 1668 г. этот хан вступил в контакт с русским царем Алексеем Михайловичем. В 1687 г. Ануша сверг и ослепил его сын Эренк, однако в 1688 г. бухарцы заняли Хиву. Наместником Хивы стал Шах-Нийаз, вскоре провозгласивший себя ханом. В 1700 г. Шах-Нийаз тайком от Субхан-Кули отправил посольство к русскому императору Петру прося принять его в российское подданство. В 1703 г. Петр изъявил согласие на это преемнику Шах-Нийаза Араб-Мухаммеду, который правил в 1702-1714 гг. В 1716 г. Шергази-хан совершил поход на Хорасан и взял Мешхед. Узбеки в этом походе взяли значительную добычу. Шергази в 1717 г. отразил вторжение русских и уничтожил отряд А. Бековича-Черкасского. После этого Абул-Фейз поднял против хивинцев аральцев. Аральцы пригласили к себе Тимур-султана из Бухары. В Хиве началась между усобная борьба, которая продолжалась до смерти Шир-Гази. Сам Тимур-султан не смог обеспечить крепкой власти. После него престол перешел к Ильбарсу из казахских Чингизидов. Во время того как Риза-Кули впервые вторгся хивинцы выступили на стороне бухарцев. Ильбарс наотрез отказался признавать сюзеренитет Надир-шаха. Сам афшарский правитель в 1740 г. выступил против Хивы и под Хазараспом разбил хивинцев. После поражения те укрылись за стенами Хазараспа. Туркмены начали уходить в степи. Илбарс же бросился бежать из Хазараспа к Ханка. Надир-шах взял Ханка, а Ильбарс погиб. Пока Ильбарс сидел в осаде в Хазараспе, то хивинцы пригласили к себе на престол Абу-л-Хайра из казахских Чингизидов. Надир-шах пригласил того прибыть к себе в ставку, но Абу-л-Хайр бежал в казахские степи. Русский посол Муравин же известил афшарского монарха, что этот казахский хан состоит в русском подданстве. Надир-шах же освободил всех невольников Хивы, в том числе и русских. Это подорвало хозяйство Хивы и на протяжении нескольких лет ханство было в сильной нужде. В 1746 г. сын Абу-л-Хайра Нурали был призван Афшарами на хивинский престол. Сам Нурали в Хиву не поехал и тогда в 1747 г. ханом был провозглашен султан Каип б. Батыр из враждебного Абу-л-Хайру лагеря. Каип в 1747-1757 гг. правил Хивой и сделал попытку устранить аталыка Хураз-бека, однако узбекские эмиры подняли восстание. Новым ханом стал Абдулла брат Каипа. Мухаммед-Рахим-хан из Бухары сделал ханом в Хиве своего ставленника Тимур-Гази. С этого времени ханы начали часто сменяться и фактически потеряли власть в ханстве. В 1763 г. власть в государстве узурпировали всесильные кунгратские инаке. В 1763 г. выдвинулся кунграт Мухаммед-Амин. Он нанес поражение решающее поражение туркменам в 1770 г. Мухаммед-Амин стал фактическим основателем новой хивинской династии Кунгратов
Хивинское ханство делилось на ряд уделов, которые выделялись огланам. Духовенству выделялись вакфы. Среди владений ханство выделялось Аральское владение. Впоследствие оно выделялось в отдельное ханство. Оно делилось на подразделения мангытское, кунгратское, кыпчакское, ходжаалийское. При преемнике Хаджи-хана Араб-Мухаммеде (1602-1623) на территорию Хивинское ханства вторгались казахи и калмыки. Казахи пытались возвести на престол своего ставленника. В самом начале его правления на ханство совершили нападение яицкие казаки Нечая, которые ворвались в Ургенч и взяли в плен 1 тыс. ясырей. Однако на обратном пути они были настигнуты и перебиты. Потом яицкие казаки совершили нападение на Хиву под началом атамана Шамая, но снова были разбиты. В конце правления Араб-Мухаммеда против отца восстали огланы Хабаш и Ильбарс. Они захватили его в плен и ослепили. Однако взошедший на престол Ильбарс, вскоре был свергнут другим своим братом Исфандийаром. В распрях между узбеками участвовали туркмены. В 1629 г. хивинский хан Исфандийар совершил набег на Хорасан. Кызылбашам пришлось сражаться с хивинцами в районе Мерва, Нисы, Дуруна, Абиверда. Его активно поддержали туркменские племена. В государство Сефевидов был отправлен с дипломатической миссией Абу-л-Гази-хан. Против Исфандийара бунтовали его братья. Так, против него восстал Абу-л-Гази, который первоначально был ханом Аральского владения. Опираясь на узбекские племена Абу-л-Гази пришел к власти. После этого он организовал походы на туркмен. Абу-л-Гази стремился поддерживать добрососедские отношения с Сефевидами. До этого он много времени пробыл у кызылбашей. Сам хан был ученым на троне и был автором трех исторических сочинений. Он отметился как полководец и совершил ряд удачных походов на бухарских Аштарханидов-Джанидов Абу-л-Гази в 50-60-х гг. XVII в. воевал против бухарских Аштарханидов. Он участвовал в бухарской усобице на стороне Субхан-кули. Последний свой набег он совершил в 1662 г. В марте 1663 г. Абу-л-Гази умер. Наследник Абу-л-Гази Ануш-хан неоднократно совершал набеги на Хорасан. Также неоднократно хивинцы вторгались в Мавераннахр. Однако в 1685 г. Ануш-хан вторгся был разбит войсками Субхан-Кули, хотя перед тем взял Самарканд. В 1668 г. этот хан вступил в контакт с русским царем Алексеем Михайловичем. В 1687 г. Ануша сверг и ослепил его сын Эренк, однако в 1688 г. бухарцы заняли Хиву. Наместником Хивы стал Шах-Нийаз, вскоре провозгласивший себя ханом. В 1700 г. Шах-Нийаз тайком от Субхан-Кули отправил посольство к русскому императору Петру прося принять его в российское подданство. В 1703 г. Петр изъявил согласие на это преемнику Шах-Нийаза Араб-Мухаммеду, который правил в 1702-1714 гг. В 1716 г. Шергази-хан совершил поход на Хорасан и взял Мешхед. Узбеки в этом походе взяли значительную добычу. Шергази в 1717 г. отразил вторжение русских и уничтожил отряд А. Бековича-Черкасского. После этого Абул-Фейз поднял против хивинцев аральцев. Аральцы пригласили к себе Тимур-султана из Бухары. В Хиве началась между усобная борьба, которая продолжалась до смерти Шир-Гази. Сам Тимур-султан не смог обеспечить крепкой власти. После него престол перешел к Ильбарсу из казахских Чингизидов. Во время того как Риза-Кули впервые вторгся хивинцы выступили на стороне бухарцев. Ильбарс наотрез отказался признавать сюзеренитет Надир-шаха. Сам афшарский правитель в 1740 г. выступил против Хивы и под Хазараспом разбил хивинцев. После поражения те укрылись за стенами Хазараспа. Туркмены начали уходить в степи. Илбарс же бросился бежать из Хазараспа к Ханка. Надир-шах взял Ханка, а Ильбарс погиб. Пока Ильбарс сидел в осаде в Хазараспе, то хивинцы пригласили к себе на престол Абу-л-Хайра из казахских Чингизидов. Надир-шах пригласил того прибыть к себе в ставку, но Абу-л-Хайр бежал в казахские степи. Русский посол Муравин же известил афшарского монарха, что этот казахский хан состоит в русском подданстве. Надир-шах же освободил всех невольников Хивы, в том числе и русских. Это подорвало хозяйство Хивы и на протяжении нескольких лет ханство было в сильной нужде. В 1746 г. сын Абу-л-Хайра Нурали был призван Афшарами на хивинский престол. Сам Нурали в Хиву не поехал и тогда в 1747 г. ханом был провозглашен султан Каип б. Батыр из враждебного Абу-л-Хайру лагеря. Каип в 1747-1757 гг. правил Хивой и сделал попытку устранить аталыка Хураз-бека, однако узбекские эмиры подняли восстание. Новым ханом стал Абдулла брат Каипа. Мухаммед-Рахим-хан из Бухары сделал ханом в Хиве своего ставленника Тимур-Гази. С этого времени ханы начали часто сменяться и фактически потеряли власть в ханстве. В 1763 г. власть в государстве узурпировали всесильные кунгратские инаке. В 1763 г. выдвинулся кунграт Мухаммед-Амин. Он нанес поражение решающее поражение туркменам в 1770 г. Мухаммед-Амин стал фактическим основателем новой хивинской династии Кунгратов