По сюжету игры в 2020 году экологические катастрофы, происходящие в мире, приводят к вымиранию целых экосистем, на место которых приходят стаи паразитов. Растительность мутирует, темпы её роста и распространения увеличиваются. Попытки уничтожения Леса людьми с помощью выжигания заканчиваются провалом, усугубляя ситуацию. Из-за потерь электростанций в мире не хватает электричества; начинаются голод и анархия.
Люди делают попытку уничтожить Лес с помощью специально разработанного вируса. Через некоторое время города накрывает аномальная пыльца, вызвав эпидемию неизвестной болезни. От неё в течение года погибает подавляющее большинство населения Земли.
Сюжет игры начинается в 2026 году. Прошло десять лет с тех пор, как человечество впервые столкнулось с Лесом, и четыре года после великой Пандемии, уничтожившей 90 % населения планеты. Мир «поражен» Лесом неравномерно — сказывается разность климатических условий. Опустевшие полуразрушенные города окончательно захвачены Лесом, а на свободных территориях, то тут, то там возникают очаги болезни — отзвуки великой Пандемии.
В опасном мире не выжить в одиночку. После катастрофы ещё какое-то время люди по инерции верили в государства, которые обязательно их спасут. Но вскоре стало ясно, что стран больше нет, границы исчезли и каждый теперь сам за себя. Большинство людей отчаялось, но были и те, кто знал, что делать и как выжить. Выжившие следовали за ними, верили в них, и они стали правителями нового мира. Так и образовывались группировки. Каждая из них несёт свою историю, свою идеологию.
Первый сезон начинается с вече Бродяг, на котором посланник Чёрного Рынка сообщает о вспышке болезни в одном из поселений. Чёрный Рынок настаивает на изоляции и зачистке поселения, чтобы не допустить распространения болезни. Бродяги боятся, что это всего лишь повод, чтобы разграбить поселение без сопротивления. Выжившие привыкают к новой жизни, при этом технологический прогресс полностью останавливается. Люди не могут пользоваться электричеством из-за нехватки топлива и людей, которые бы его добывали. Главному герою предстоит выжить в суровых условиях нового мира, приобретать навыки, совершенствовать оружие, технические средства, учиться пользоваться новыми медикаментами.
По заявлениям Vostok Games, все новые события в мире будут зависеть от действий игроков, причем не зависимо, в каком режиме именно. На данный момент ни игроки, ни разработчики не знают, чем закончится история мира Survarium: будет ли в итоге «счастливый конец» или «все умрут».
