Музафариды происходили от Гийас ад-Дина Хаджи из Гафа в Хорасане, который прибыл в Йазд во время монгольского вторжения. Он и его потомки оказывали влияние на местную политику благодаря как монголам так и атабекам Йазда. В то время как Хорасан и Азербайджан были под прямой монгольской властью, то Йазд, Керман и Фарс находились под властью локальных правителей. Кара-Китаиды правили в Кермане, Салгуриды в Фарсе. Внук Гийас ад-Дина эмир Шараф ад-Дин Мозафар служил атабеку Йусуфшаху. Мозафар заслужил благодарность ильхана Аргуна за борьбу против бандитов на дорогах. Он назначил его есаулом, а Гейхату и Газан продолжали признавать его как верного вассала. Газан назначил его тысячником, а Олджейту назначил его наместником Мейбода. После смерти Музафара в 1314 г. его тринадцатилетний сын Мубариз ад-Дин Мухаммед унаследовал титул и оставался при дворе Олджейта до 1316 г. При ильхане Абу Саиде в 1318 г. Мубариз ад-Дин Мухаммед стал наместников Йазда. Он заслужил уважение ильхана победив никудерцев нападавших на город. В 1328-1329 гг. Мубариз ад-Дин заключил династический брак с Макдумшах дочерью правителя Кермана Кутб ад-Дина Джаханшаха Никруза. Он представлял свои интересы и своего сына периодически посещая Тебриз. Смерть Абу Саида в 1335 г. внесла анархию в государстве ильханов. В Азербайджане правили Чобаниды, в Хорасане воцарился Тогай-Тимур из монгольской династии Хулагуидов, в Багдаде же правил Хасан-Бозорг, который возвел на престол своего ставленника. Сначала Мубариз ад-Дин склонялся на сторону Тогай-Тимура и чеканил монеты с его именем. В 1339-1340 гг. Мозафириды вступили в союз с Чобанидами. Мубариз ад-Дин оказал поддержку Пир-Хусейну и за это тот назначил его наместником Кермана. Кутб ад-Дин Джаханшах Никруз бежал и Мубариз ад-Дин чеканил монеты в Кермане на честь марионетки Чобанидов Сулейман-хана. Он также вступил в контакт с племенами афгани и джормаи, а также Инджуидами в Фарсе. Шах Шоджа женился на дочери племеного вождя. От этого союза родилось трое принцев Музафаридов, а также дочь Падшах-султан. Афгани и джормани помогли отразить вторжение Инджуидов в 1344-1345 гг. Племена сохранили свою автономность и управлялись своими вождями. Инджуид эмир Шейх Абу Исхак б. Махмудшах в 1342-1343 гг. отвоевал Шираз у Чобанидов. Этот правитель стал первым кто начал в Иране чеканить монеты от собственного имени в послемонгольское время. Абу Исхак и Мубариз ад-Дин боролись за власть над Фарсом на протяжении десяти лет, пока Музафариды не победили. В 1353 г. пал Шираз и Абу Исхак бежал в Исфахан. Шираз стал столицей Музафаридов, пока династию в 1393 г. не победил Тимур. На протяжении всего своего правления Мубариз ад-Дин культивировал образ себя как защитника суннитского ислама. Он закрыл питейные заведения в городе и строил религиозные учреждения. В конфликтах с племенами афгани и джормани Мубариз ад-Дин заручился поддержкой улемов, а также послал в Египет к Аббасидам посла чтобы получить инвеституру на правление. Таким шагом он еще старался заручиться поддержкой мамлюков. В 1356 г. войска Музафар ад-Дина взяли Исфахан. Абу Исхак был схвачен и казнен. После того как татары разгромил Чобанидов в Азербайджане там установился вакуум власти поскольку Бердибек убил своего отца Бердибека и татары отступили из региона. Музафариды вступили в Тебриз, но вскоре их из города выбили Джалаириды, поскольку в Тебриз с войском вступил Шейх-Увейс. В 1359 г. Мубариз ад-Дин был схвачен своими сыновьями Шах-Шуджей и Шах-Махмудом, а также братом Шах-Султаном. Бывший правитель был ослеплен. Так поступили с Мубариз ад-Дином, боясь, что он отдаст престол своему сыну Шах-Йахье. Царство было разделено между заговорщиками. Вскоре разгорелся конфликт между Шах-Шуджей и Шах-Махмудом. Последний пользовался помощью Джалаиридов и с их помощью взял Шираз в 1363 г. Он признал свою зависимость от Шейх-Увейса и чеканил монеты с его именем. Однако жители Шираза восстали в 1366 г. и пригласили Шах-Шуджу на правление. Шах-Махмуд в 1368-1369 гг. обратился за помощью к Шейх-Увейсу и женился на его дочери. Конфликт между братьями закончился в 1375 г. со смертью Шах-Махмуда. Шах-Шуджа приняв власть, собрал войска и вступил в Тебриз, однако Музафириды были вскоре из него выбиты Султаном-Хусейном Джалаиром. Через несколько месяцев он вернулся в Исфахан. Шах-Шуджа назначил своим преемником своего сына Зайн ал-Абедина и в 1384 г. умер. Новый правитель столкнулся с враждебностью своих двоюродных братьев Шах-Йахьи и Шах-Мансуром. Шах-Йахья изгнали из Исфахана сами жители города. Зайн ал-Абедин поручил править городом своему дяде Музафару Каши. Брат Шах-Шоджи Султан-Ахмад правил Керманом и был союзником эмиру Мухаммеду из племени джормани, заключив в темницу вождя афгани Такура. Афганы вступили в союз с эмиром Суюргатмишем, который начал войну против Султан-Ахмада в 1385 г. В битве Суюргатмыш погиб, а лидером афгани был назначен пахлаван Али Курчи. Во время этого конфликта в Керман прибыли посланцы Тимура. Он сначала позволил Музафаридам сберечь свою власть. Султан-Ахмед чеканил монеты с именем Тимура и приказал читать хутбу в его честь. Когда войска Тимура в 1387 г. пришли в Ирак-Аджам Музафар Каши признал его власть. Однако восстание исфаханцев против его сборщиков налогов привели к тому, что город был разорен. Во время первой кампании Тимура Музафариды были награждены чагатайским эмиром. Шираз получил Шах-Йахья, Сирджан – Абу Исхак б. Увейс б. Зайн ал-Абедин, Керман – Султан-Ахмад. Зайн ал-Абедин был же заключен в тюрьму Щах-Мансуром в тюрьму. Шах-Мансур вскоре изгнал Шах-Йахью из Шираза. Несмотря на предупреждения от Тимура Музафариды развернули междуусобную борьбу. В 1391 г. Зайн ал-Абедин был освобожден из тюрьмы в Шуштаре сочуствующими. Он выступил в союзе с Шахом-Йахья и Султан-Ахмадом против Шах-Мансура. Однако союзники были разбиты Шах-Мансуром, а Зайн ал-Абедин был вынужден бежать в Исфахан, где был местным наместником передан Шах-Мансуру. Последний стал самым влиятельным Музафиридом в 1391г. и захватил Шираз и Исфахан. Война против братьев, которым Тимур поручил Фарс и Керман была фактическим вызовом великому самаркандскому эмиру. В 1393 г. Тимур отправил войска против Шах-Мансура и разбил его в битве. Керман он передал Эдигу Барласу, а Фарс своему сыну Умар-шейху. Все Музафириды кроме Зайн ал-Абедина и его брата Султана-Шебли были казнены.