В конце 1821 г. Умар-хан заболел, а 12 января 1822 г. умер.
Зять Умара Масум-хан провозгласил ханом четырнадцатилетнего сына Умара - Мадали-хана. Сын Масум-хана Хаким-хан забрал принца из гарема и короновал его, подняв его на войлоке.
Советником нового хана стал Махмуд-хан Тура, посоветовавший ему жениться на Хан-Падшах, которая ранее была женой его отца.
Мадали-хан вскоре удалим Хаким-хана и Масум-хана от двора. Сам Хаким-хан пробыл четыре месяца в тюрьме, после чего еще с сотней знатных кокандцев бежал в Шахрисябз. Оттуда Хаким-хан прибыл в Семипалатинск и Омск, в русские владения.
В 1822 г. когда умер Умар-хан кокандцы подчинили себе Шымкент, Туркестан и Аулие-Ата.
При правлении Мадали-хана в Кыргызии были основаны крепости Мерке, Каракол, Пишпек, Токмак.
В 30-х гг. кокандцы развернули экспансию на юг и подчинили Каратегин, Дарваз, Шугнан, Рошан, Вахан на Памире. Этими кампаниями руководил Лашкар-кушбеги, бывший раб из Читрала.
Также Мадали-хан контролировал Сарыкол.
Кокандцы облагали налогом купцов из Бадахшана и Кашгара.
В Бадахшане нашли себе укрытие черногорские уйгурские ходжи Бурхан ад-Дин и Ходжа-Джахан. Местный правитель выдал их маньчжурам, но был спасен их потомок Сарымсак. Мальчиком он воспитывался в Кундузе, а юношество провел в Самарканде, Шахрисябзе и Ура-Тепе.
В 1789 г. цинский император требовал от Нарбута-бия выдать его, на что кокандский бий ответил отказом. Но когда в 1797 г. Сарымсак двинулся отвоевывать Синьцзян, то кокандцы отказались поддерживать его.
После поражения он укрылся в Ферганской долине. У Сарымсака родился сын Джахангир-ходжа, который в 1814 г. предпринял попытку реставрировать власть ходжей в Синьцзяне. В 1820 г. он повторил свою попытку поднять уйгуров на восстание, однако снова потерпел поражение и вернулся назад в Ферганскую долину.
После смерти Умар-хана Джахангир-ходжа получил поддержку кокандцев. С небольшим количество кыргызов и кокандцев он вторгся в Кашгарию в 1826 г. Сначала его войско потерпело поражение, но вскоре к нему присоединилось 18 тыс. "гази" и он занял Кашгар. Вскоре пали Янги-Хисар, Яркенд и Хотан. Восстание охватило и Аксу.
Мадали-хан, узнав о успехе Джахангир-ходжи, направил ему войска на помощь. Кокандцы осадили сохранявшую верность маньчжурам крепость Гульбах, но не смогли ее взять. Мадали-хан пробыл две недели в Кашгаре и вернулся в Ферганскую долину, присвоив себе титул "гази".
После этого Джахангир-ходжа взял Гульбах, но через несколько месяцев в Синьцзян пришло большое цинское войско и ходжа бежал на Алай, но не нашел там укрытия и, в конце-концов, был схвачен маньчжурами и казнен. Империя Цин наложило эмбарго на кокандскую торговлю.
В 1828 г. Мадали-хан понес поражение от хакима Ура-Тепе. Кокандский хан укрыл у себя старшего брата Джахангира Йусуф-ходжу. Он предоставил ему войско в 30-40 тыс. под руководством Мухаммед-Шарифа Аталыка и Лашкар Кушбеги. Три месяца кокандцы старались отвоевать у маньчжуров Кашгарию, но не преуспели. Они заняли Кашгар, но не взяли Янги-Гульбах.
Хакк-Кули согласился отвести войска, если маньчжурский командующий пообещает не терроризировать мусульманское население. Несмотря на это из Кашгарии бежало 50-60 тыс. человек. Империя Цин сняла торговое эмбарго с Коканда и кокандским торговцам была дана привилегия беспошлинной торговли в Синьцзяне. Кокандские аксакалы собирали в Синьцзяне налоги с андижанских купцов. На этом конфликт империи Цин и Кокандского ханства был разрешен.
В 40-50-х гг. ходжи пытались восстановить свою власть в Синьцзяне, но не имели поддержки среди кокандцев и самого уйгурского населения. Только в 1865 г. кокандец Йакуб-бек поднимет уйгуров на восстание.
После кампании в Синьцзяне Мадали-хан погряз в делах гарема и старался заручиться поддержкой мусульманского духовенства. Против Мадали-хана выступил шахрисябзский бек Махмуд-хан вместе с бухарским эмиром Насруллой (1827-1860). Бухарский посол обвинил Мадали в нарушении шариата (в связи с отношениями с Хан-Падшах).
В 1840 г. Мадали направил свое войско занять поселение Пешагар, которое находилось между Джизаком и Ура-Тепе. После этого он нацелился на Джизак, которые пользовался покровительством бухарцев. Однако войско кокандцев было разбито и отступило в Ура-Тепе. Бухарское войско взяло Пешагар и Мадали пошел на переговоры с Насруллой в Замине. Джизак остался в руках бухарцев.
По возвращении Мадали столкнулся с требованиями развода с Хан-Падшах, но отверг их. Бухарцы тем временем взяли Ура-Тепе. Насрулла потребовал от кокандцев сдачи Ходжента, Курамы и Ташкента. Не получив ответа бухарцы заняли крепости Йом и Замин. Народ передал бухарцам контроль над Ходжентом. Мадали пошел на переговоры и соглашался уступить Султан-Махмуду (которого поддерживали бухарцы) Ходжент, Ура-Тепе, Ташкент и земли казахов.
Однако Мадали был неискренен и не собирался исполнять обещания, и бухарцы вернулись. В битве при Ходженте кокандцы были разгромлены. Бухарцы имели модернизированное войско из сарбазов (наемных солдат). В этой ситуации Мадали-хан отрекся от престола в пользу своего брата Султан-Махмуда и тот в 1842 г. вступил в Коканд. Вскоре напали бухарцы и взяли Коканд. Султан-Махмуд был схвачен в Шахрихане и вместе с Мадали, схваченным у Маргилана, был казнен.
Политика Мадали-хана чуть не привела Кокандское ханство к краху. В Ура-Тепе сел бухарский наместник. В Коканде сел Ибрахим Парванчи Мангыт, а его брат Карим-Берди Зинбардар стал наместником Андижана и Маргилана.
Однако бухарского ставленника сверг Шер-Али-хан сын Хаджи-бека. Бухарцы осадили Коканд, но не смогли его взять. Бухарский эмир был вынужден отступить.
Шер-Али-хан потребовал от правителя Ташкента Мухаммеда Шарифа покориться, но тот отказался, и тогда кокандцы двинули на него войско под руководством Малля-бека и мингбаши Йусуфа кыргыза.
Малля-бек договорился с аксакалами махалля Ташкента, и кокандское войско вошло в Ташкент. Городом был назначен править старший брат Шер-Али-хана - Сарымсак-бий. После этого кокандцы вернули себе контроль над Ходжентом. Мухаммеда Шарифа линчевала толпа.
Однако в Кокандском ханстве существовали противоречия между кыпчаками, таджиками и кыргызами. Мингбаши Мусульманкул осуществлял контроль над кыпчаками, таджикский мингбаши Шади контролировал Маргилан.
Шади расправился с мингбаши Йусуфом Кыргызом. Мусульманкул обманом расправился с Шади, и кыпчаки стали самыми влиятельными в ханстве.
Кыргызы Уч-Кургана и Алая восстали и осадили Ош. Мусульманкул повел войска на кыргызов, а в это время сын Алим-хана Мурад с небольшим количеством сторонников прибыл из Ферганы в Коканд и убил Шер-Али-хана.
Мусульманкул развернул войско и сделал ставку на сына Шер-Али - Саййид Мухаммеда Худойара, взял Коканд и провозгласил его ханом.
Новому хану было 13 лет. Мусульманкул был фактическим правителем, и это не устраивала многих.
Малля-бек возглавил оппозицию, которая в двух битвах разбила кыпчаков. Многих кыпчакских аристократов казнили, а сам Мусульманкул был убит лишь в 1852 г.
Поскольку Худойар был занят внутренними делами, генерал-губернатор Самарской и Оренбургской губерний генерал В. А. Перовский (1795-1857) в 1853 г. занял крепость Ак-Мечеть, которая по указу императора была переименована в форт Перовский.
В условиях продвижения русских Худойар обратился за помощью к британской Ост-Индской компании через посредничество афганцев в 1854 г. В том же году русские основали крепость Верный в Семиречье, чем установили контроль над казахами Старшего жуза.
В мае 1864 г. русские заняли крепости Янги-Курган, Туркестан, Мерке, Токмак, Пишпек, Аулие-Ата. Русский отряд под руководством генерала Черняева занял Ак-Булак и вышел к Шымкенту. Город защищал гарнизон во главе с Алымкулом. Но тот вскоре был отозван в Фергану для того чтобы защитить Коканд от бухарского вторжения. Черняев овладел Шымкентом, считавшимся неприступным.
В 1865 г. он занял Ташкент, которым в 1852 г. руководил Малля-бек, а Ходжентом руководил таджик Йакуб-бек. Вскоре Малля-бек был вынужден бежать к бухарцам.
Эмир Насрулла дал ему убежище, а потом сделал послом Бухарского эмирата в Кокандом ханстве. Спустя несколько лет бухарцы провели новую кампанию против кокандцев. Бухарцы вышли из Ура-Тепе, прошли через Токай-Тепе и осадили Коканд. Через два месяца осады бухарцы взяли Коканд.
Насрулла сделал Малля-бека ханом Коканда в 1858 г., использовав конфликт между кочевниками и сартами. При Малля-хане кыпчаки и кыргызы занимали доминирующие посты в государстве. Попытка Малля-хана предотвратить падение Янги-Кургана в 1861 г. была неудачной и 25 февраля 1862 г. кыргызские воины убили хана. На престол взошел сын Сарымсака Мурад.
Когда Худояр узнал о смерти Малля-хана, то он начал готовить почву к своему возвращению. Он заручился поддержкой преемника Насруллы - Музаффар ад-Дина (1860-1885). С его помощью он взял Ташкент. Потом пал Ходжент, куда Худойар назначил Йакуб-бека. Впрочем, сам Худойар вскоре оказался без поддержки и его войско было разгромлено людьми Мурада, но военачальники возвели Худойара на престол.
Впрочем, он правил недолго, и Алымкул, возглавивший кыпчаков, в 1863 г. возвел на престол сына Малля-хана Султан-Саййида-хана. Таким образом, русское наступление развивалось в условиях внутренней усобицы в Кокандском ханстве.
27 июня 1865 г. русские заняли Ташкент, который защищал Алымкул. В этой ситуации в Кокандское ханство в очередной раз вторглись бухарцы и Музаффар ад-Дин 12 июля 1865 г. сделал ханом Худойара.
Из Кокандского ханства в это же время в Синьцзян бежал Йакуб-бек, который создал в Синьцзяне уйгурское государство Йеттышаар. В июле 1867 г. инженер-генерал К. П. фон Кауфман (1818-1882) был назначен генерал-губернатором Туркестанского региона.
В 1868 г. Худойар-хан был вынужден признать себя вассалом русских, как и бухарский эмир Музаффар ад-Дин.
В 1873 г. Хивинское ханство также стало русским протекторатом.
Против подчинения русским в 1875 г. восстало население Кокандского ханства. Абд ар-Рахман Афтобачи провозгласил в Андижане ханом старшего сына Худойара - Наср ад-Дина. Восставшие двинулись в сторону Коканда и Худойар бежал в Ташкент, под защиту русских. Восставшие надеялись на поддержку афганцев, уйгуров и бухарцев, и хотели изгнать русских из Туркестана. При Ходженте русские разбили войско Абд ар-Рахмана Афтобачи. Сам полководец бежал в Фергану в поисках брата Наср ад-Дина Мурад-бека.
Генерал Кауфман возглавил погоню за ним. 22 августа в битве у Макрама генерал М. Д. Скобелев (1843-1882) разбил кокандцев. Кауфман вернулся в Коканд и принудил Наср ад-Дина смириться с аннексией Ферганской долины, а Худойар был выслан в Оренбург.
Однако сопротивление продолжалось. Абд ар-Рахман Афтобачи поднял на восстание кыргызов, которых возглавил религиозный лидер Мулла Исхак. В Андижане они провозгласил себя Пулад-ханом, внуком Алим-хана. Наср ад-Дин был вынужден искать укрытия у русских, а Пулад казнил остальных потомков Худойар-хана.
Кауфман отправил против кыргызов отряд генерала Скобелева, который несколько раз одержал победы над Абд ар-Рахманом Афтобачи и тот окончательно сдался 20 января 1876 г. Андижан пал двумя неделями ранее.
Скобелев схватил Пулад-хана и повесил его в Маргилане.
2 февраля 1876 г. царь Александр II провозгласил, что Кокандское ханство ликвидировано, а его территория присоединена к Российской империи в качестве Ферганской области, куда губернатором был назначен сам Скобелев.
Худойар же сбежал из Оренбурга в Афганистан, где его ограбили. Там бывший хан встретил турка Абд ар-Рахима-эфенди, и вместе они отправились в Багдад. Из Османской империи он попросил разрешения вернуться в Россию. Возвращаясь назад через Герат в маленьком городке Карох Худойар умер в 1881 г.
В насвай чего-то афганского добавил?