Главной силой в Средней Азии в начале XVI в. стали узбеки. Еще в середине XV в. Узбекский улус занимал большую часть восточного Дешт-и Кыпчака. Его возглавлял Шибанид Абу-л-Хайр. Он нанес поражение хану Кок-Орды Бараку. В 1465 г. от узбеков откочевала часть улусов под руководством огланов Джанибека и Керея, которые приходились родственниками Бараку. Они подались в Моголистан, где местный хан их расселил в Жетысу. Они стали именоваться казахами. Остальные же люди Абу-л-Хайра именовались узбеками. Мухаммед Шейбани и его брат Махмуд-султан росли сиротами. Их воспитывал дед – Абу-л-Хайр. Смерть Абу-л-Хайра привела к тому, что узбекский престол перешел к Шейх-Хайдару. Последний был слабым правителем и против него выступили узбекские султаны. Его родственники и ближайшие сподвижники умерли в междуусобной борьбе. Мухаммед Шейбани спасся тем, что его отвезли к правителю Хаджи-Тархана Касиму. На земли узбеков пришли ногайцы и казахи. Мухаммед Шейбани стал казачествующим огланом. Он нашел поддержку от Тимуридов. Ему покровительствовал Мухаммед Мазид-тархан наместник Отрара и Туркестана. Сам оглан проживал в Туркестане. Мухаммед-Шейббани был вассалом Ахмед-мирзы Тимурида. Он с братом некоторое время жил у наместника Бухары Абдулали-тархана. Когда Мухаммед Шейбани покинул Бухару он овладел городом Сыгнак. При содействии ногайского правителя Мусы-мирзы он разбил казахского хана Бурундука б. Гирея. Потом Мухаммед Шейбани напал на город Сузак, который находился под властью Махмуд-султана. Тот был разбит узбеками и обратился за помощью к Бурундук-хану. В битве при перевале Сугунлук Мухаммед Шейбани потерпел поражение и вынужден был бежать в Мангышлак. Набеги моголистанцев вынудили Ахмед-мирзу призвать узбеков для защиты северных земель. Мухаммед Шейбани прибыл в Бухару, а потом в Самарканд. Эмиры Ахмед-мирзы составили против него заговор, однако сам Тимурид убеждал казачествующего оглана что ему ничего не угрожает и примирился с ним. Однако Мухаммед Шейбани прибыв в Туркестан за Чирчиком вступил в переговоры с моголистанцами. Он прибыл в резиденцию Махмуд-хана Ташкент и был там радушно встречен. Последующие три-четыре года прошли в войнах с иными узбекскими султанами. То он был в союзе с Мухаммед-Мазид-тарханом, то выступал на стороне его врагов. После того как он усилился Мухаммед Шейбани двинулся на Хорезм и овладел крепостью Тирсак. Успехи узбекского оглана были остановлены Хусейном Байкара. Однако Мухаммед Шейбани овладел крепостью Адак на полпути между Ургенчем и Астрабадом. Оттуда он совершил набег на Астрабад. При помощи моголистанского Махмуд-султана, который передал ему отнятую у Тимуридов крепость Отрар узбекский оглан занял Сайрам и Туркестан. В Сайраме вскоре вошли казахи Бурундук-хана и осадили Мухаммед Шейбани в Отраре. Мухаммед-хан прибыл ему на помощь, однако в дальнейшем захотел выбить его из присырдарьинских земель. После этого Мухаммед Шейбани направил свои войска против Тимуридов на Самарканд. Там правил Султан-Али-мирза б. Султан-Махмуд-мирза. Самарканд был хорошо укреплен и узбеки обошли город взяв Карши и Шахрисябз. Вместе с моголистанским Султан-Махмудом он осадил Самарканд, но подход из Бухары Мухаммеда-Бакы-тархана из Бухары вынудил его снять осаду. В битве при Дабусийи тимуридские войска были разбиты и после трехдневной осады в 1500 г. пала Бухара. Часть эмиров Султан-Али-мирзы отправили послов за помощью к Бабуру Андижанскому и Увайс-мирзе брату Султан-Али из Ташкента. Мухаммед Шейбани готовился выступить против них, но у Таткента к нему пришло известие, что жители Бухары готовы восстать и тогда он с ними жестоко расправился. В Шахрисябзе против Султан-Али-мирзы восстал эмир, но его выступление подавил Бабур. Увайс-мирза же отступил назад в Ташкент. Султан-Али-мирза же явился к Мухаммеду Шейбани Вскоре без всякого боя Самарканд сдался Мухаммеду Шейбани. Вскоре Султан-Али-мирза был казнен, а Ходжа Мухаммед-Яхья был арестован. Однако вскоре узбеки утратили Самарканд из-за восстания в нем ходжи Абу-л-Мекарима, который призвал в город Бабура. В апреле 1501 г. на берегах Зерафышана Бабур сразился с Мухаммедом Шейбани и потерпел поражение. Узбеки осадили Самарканд и держали его в осаде четыре месяца. Бабур в 1501 г. был вынужден бежать из Самарканда в Ташкент. Далее узбеки выступили Хусейна Байкара. Тот призвал к себе на помощь балхского наместника Бади аз-Замана, а также правителей Хисара, Хатлана, Кундуза, Бадахшана, Куляба. Во главе союза стоял хисарский владетель Хосров-шах. Бади аз-Заман отправил письма к правителям Замина, Кандагара и других владений. Однако среди Тимуридов не было единой позиции. Хосров-шах и Хусейн-Байкара не доверяли Бади аз-Заману и боялись его усиления. В 1503 г. Мухаммед Шейбани выступил из Самарканда в направлении Балха. Бади аз-Заман бежал, а узбеки три месяца осаждали Балх, хотя и неудачно. В битве при Ахси разбил моголистанцев и чагатаев Бабура. После этого он занял Ташкент, Сайрам, Шахрухию, Ура-Тепе. В 1504 г. Бади аз-Заман собрал свои войска на Мургабе, а Хосров-шах двинул воинов на Кундуз, который захватили узбеки. Наступление было прервано вестью, что Бабур напал на Кандагар. Мухаммед Шейбани же в конце 1504 г. двинул войска на Хорезм. В 1504 г. пала Фергана. В августе 1505 г. после десятимесячной осады пал Ургенч. Наместник Хусейна-Байкары был убит, а с туркменами жестоко расправились. Осенью 1505 г. Мухаммед Шейбани отправил свои войска в набег на Хорасан. Узбеки проникли под Меймане и Фарьяб. Около этих городов они разбили эмиров чагатайских племен джалаир и арлат. Бади аз-Заман выступил против узбеков к Мургабу и около Сари-пули-Табана ждал Хусейна-Байкара, но тот заболел и вскоре умер. Мухаммед Шейбани осадил Балх, а Тимуриды смогли собрать войско только к осени 1506 г. Город сдался узбкам, а Тимуриды приостановили наступление из-за наступления зимы. В начале мая 1507 г. узбеки вторглись в Хорасан. Без боя был сдан Андхуд, далее Мухаммед Шейбани следовал на Бадгис, а оттуда на Герат. Хорасанское войско было разбито у стен города и Герат вскоре пал. Силы Тимуридов из Мешхеда попробывали остановить узбеков, но чагатаи были разбиты в бою под Джамом. Весной 1508 г. Мухаммед Шейбани осуществил новый поход на Хорасан, где в Астрабаде укрывался Бади аз-Заман. Последний услышав о приближении узбеков бежал в Азербайджан к Сефевидам. Мухаммед Шейбани воссоздал узбекский улус только не в Дешт-и Кыпчак, а в Мавераннахре. Государство считалось собственностью ханского рода. Сыновья Мухаммеда Шейбани владели уделами и при них находились аталыки. В государстве существовали тарикаты дервишей кубравийа и накшбандийа. Суфийские шейхи владели вакфами. Важную роль играла племенная аристократия узбекских племен, которой предоставлялись суюргалы. В Мавераннахре узбеки подчинили себе прежнее тюркское население чагатаев и ираноязычных таджиков. Таджиков было много в городах Мавераннахра, в Фергане и Хорезме доминировали тюрки. В Хорасане интересы Мухаммеда Шейбани войшли в конфликт с интересами Сефевидов. Это привело к большому конфликту и сражению под Мервом в 1510 г., где сложил свою голову Мухаммед Шейбани. Виновником конфликта в персидских источниках изображен Мухаммед Шейбани, который отправил дерзкое письмо шаху Исмаилу. Войска узбеков нападали даже на Керман, в ходе одного из таких набегов в плен попал Джанфава-мирза. С этим мирзой шах Исмаил отправил ответ узбекскому вождю. Послание шаха было вежливым и предлагало мирное разрешение конфликта. Мухаммед Шейбани же отправил Исмаилу оскорбительное письмо и отказал тому в праве посетить шиитскую святыню в Мешхеде. После победы над Мухаммедом Шейбани Исмаил Хатаи отправил посольство к сыновьям убитого узбекского хана - Убайдулле, Мухаммед-Тимуру и Суйунч-Ходже. Суйунч был воинственно настроен, Убайдулла же некоторое время вел переговоры. Однако условия кызылбашей были жесткими. Сефевиды должны были занять Хорезм и Хорасан. Однако узбеки были вынуждены пойти на перемирие для того, чтобы собрать силы. Шах пригрозил Шибанидам, что, если они нарушат перемирие, он передаст Мавераннахр Бабуру. Во главе узбеков после гибели Мухаммеда Шейбани встал Кучкуниджи-хан избраный на курултае.