Советские инженеры Анохины, работавшие в ВПК по части ракетостроения, украли важные документы по новым советским МБР 4-го поколения и сбежали с ними в Японию, прихватив с собой малолетнего сына — Николая. Сбежали ли они сами из диссидентских побуждений или это была операция КГБ по инфильтрации в "Кобаяши Корпорейшн" — так и непонятно (Кобаяши Джун и Шерил уверены, что Анохины были двойными агентами и работали на КГБ, Ичиносэ и Ито в этом сомневаются, Ирина — единственная, кто могла бы пролить свет на этот вопрос — от конкретного ответа уходит и отвечает двусмысленно). Документы и квалификация беглецов вызвали интерес у
кого надо, и им дали ВНЖ, добротный дом в Токио и работу в ТНК "Кобаяши Корпорейшн", основанную и возглавляемую Кобаяши Джуном (дедом Эли и, как выясняется в руте Кагомэ - ещё и её). В соседнем доме поселился знающий русский язык (и в своё время работавший в СССР и женатый на русской, на момент действия игры - в разводе) сотрудник японской контрразведки Рюноскэ Ито со своей дочерью Химицу, которому поручили следить за Анохиными. Николай с Химицу быстро подружились и проводили вместе много времени, девчонка неосознанно втянулась в работу отца (о которой пока не в курсе).
Юмико, дочь Кобаяши Джуна, влюбилась в гастролировавшего в Японии французского рокера и, плюнув на отца, сбежала с ним во Францию. Там у них родилась Эли, до которой подсевшим на бухло и наркоту родителям не было никакого дела и, после очередного алко-нарко марафона, они разбились в автокатастрофе. Кобаяши Джун подпряг все свои ресурсы и нашёл-таки внучку, вывезя её в Японию и взяв под надзор. Параллельно, от связи с секретаршей, у него родилась ещё одна дочь, которая вышла замуж за химика "Кобаяши Корпорейшн" Акиру Синдзи. От этого союза родилась Кагомэ. Её мать вскоре развелась с отцом, забрав дочь и на деньги Кобаяши Джуна обустроив жизнь, но рано умерла от рака, после чего девочка потеряла контакты с дедом и помощь от него, ей пришлось перебираться к деду по отцовской линии и работать в его ресторане-забегаловке (хотя, судя по тому, что она попала в элитную школу — Кобаяши Джун всё-таки за ней приглядывал и не дал совсем уж опуститься на дно).
"Кобаяши Корпорейшн" в сотрудничестве с американцами начала некую большую исследовательскую работу под условным названием "Проект", в которой были задействованы родители Николая, Акиро Синдзи, Ичиносэ, Никамура и ещё множество лиц. Курировала "Проект" сотрудница ЦРУ Шерил Винтерс (мать Кетрин), которая была совсем не в ладах с японской стороной, подозревала Анохиных в работе на КГБ и настроила против себя Ито. Что из себя представляет этот "Проект" — в отличие от Beholder 2, мы тут не узнаем (Николай так и не смог разобраться в документах ни сам (в большинстве рутов), ни с помощью Кагомэ (в её руте), а привлечённый последней Никамура (там же) ограничился общими фразами "это технологический прорыв!", но "откуда это у вас, это очень опасные бумаги!" и сбежал).
Благодаря положению родителей, Николай пошёл в элитную школу (вместе с Химицу), где познакомился с японцем Кёске, американцем Майклом, а потом и с Кетрин, в которую втюрился. Довольно дебильной попыткой пикапа (воспользовавшись её плохим знанием японского) ему удалось привлечь её внимание, потом они начали встречаться (в тайне от своих родителей). Николай познакомил Кетрин с Химицу, девушки сразу увидели друг в друге соперниц, но для виду сдружились. Ито, тем временем, потихоньку собирал досье на сотрудников "Проекта", а у Винтерс-старшей потихоньку "шарики заезжали за ролики" и она начала копать под Анохиных.
Николай с Кетрин резвились на полную катушку (что бесило Химицу, но та скрывала эмоции), начали забивать на учёбу и в целом покатились под откос. Дальше произошло закономерное — Кетрин стала героиней шоу "Беременна в 16" до того, как это стало мейнстримом.
Деваха такого не ожидала и ожидаемо запаниковала, не решившись рассказать о беременности ни Николаю, ни матери. Вместо этого она решила посоветоваться со своей "заклятой подругой" Химицу, которая притворно погоревала — и сообщила обо всём Шерил (возможно, и своему отцу тоже).
ЦРУ-шница добровольно-принудительно вывезла дочь в США (та не рискнула предупреждать Николая об отъезде, но написала письмо, в котором рассказала о беременности и давлении со стороны матери) и окончательно решила расправиться с Анохиными, подстроив автокатастрофу. Родители Николая погибли, а сам он отделался переломами, но когда оправился от них — узнал об отъезде Кетрин. Решив, что теперь он стал никем и она его бросила по этой причине, он конкретно вывалился из жизни и ушёл в глухой запой (и отъехал бы, если бы Химицу его не взяла под плотную опеку).
После гибели Анохиных и отъезда Винтерс, "Проект" заглох. Отца Кагомэ с Ичиносэ уволили, последний успел стащить с собой документацию по нему.
Заинтересованные стороны заметили пропажу документов и, исходя из уверенности в работе родителей Николая на КГБ, пришли к выводу, что документы украли они и искать их нужно у Николая. У Кетрин же в США случился выкидыш, а пристроиться никуда не получилось. Подросшая Эли заинтересовалась рок-музыкой и организовала свою группу, как-то уломав деда не мешать ей в этом. Кагомэ наловчилась в поварском деле и взяла работу ресторана на себя.
"Кобаяши Корпорейшн" дала Николаю доступ к счёту отца и страховку, на которую он на начало игры и существует. Химицу подрядилась его кормить/поить/одевать (надеясь, что он обратит на неё внимание не только как на прислугу), получая взамен презрительное отношение (которое она пока ещё терпит, но вторичное появление Кетрин или рут с другой девахой стриггертит ответку). Ито продолжает следить за ним и напрямую, и с помощью дочери, имея целью выяснить местонахождение документов. Мать Кетрин вновь направили в Японию (с той же целью) и та, узнав об этом, упросила взять её с собой, надеясь предупредить Николая (минимум) и восстановить отношения (максимум). Со стороны КГБ на поиски документов выехала майор ГБ Ирина Мостовая, маскирующаяся под сотрудницу французского торгпредставительства. Эли на деньги деда немного раскрутила свою группу, но попутно подсела на наркоту. Кагомэ пришлось взять на себя ещё и содержание оставшегося без работы отца, что на пару с буллингом в школе окончательно испортило её характер и озлобило.
Письмо от Кетрин Николай так и не прочитал (в разных рутах его или крадёт Химицу, или забирает сама Кетрин, или он сам возвращает его ей), на учёбу продолжил забивать, из друзей у него остались только Кёске и Майкл. Никаких планов у чувака нет, он собирается после школы пойти на низкооплачиваемую неквалифицированную работу. Триггертит мозговую деятельность только возвращение Кетрин и (подброшенная ею же) записка, что ему из-за документов по "Проекту" угрожает опасность.